Temeljem prikupljenih i objedinjenih podataka o mjestima masovnih i pojedinačnih grobnica, Uprava za zatočene i nestale sačinjava plan ekshumacija koji obuhvaća saznanja o mjestima masovnih i pojedinačnih grobnica.
Sukladno Uredbi Vlade Republike Hrvatske, Uprava za zatočene i nestale organizira provođenje ekshumacije te koordinira sudionicima u procesu ekshumacije (Ministarstvo unutarnjih poslova, Ministarstvo obrane, nadležna državna odvjetništva i sudovi te medicinske ustanove).
Tijek procesa ekshumacije se dokumentira.