Glavno tajništvo poduzima mjere za osiguranje učinkovitosti u radu te tehničko usklađivanje rada unutarnjih ustrojstvenih jedinica Ministarstva; daje mišljenja o ugovorima i sporazumima te o nacrtima i prijedlozima zakona i drugih propisa drugih tijela državne uprave u odnosu na pitanja koja nisu u djelokrugu drugih unutarnjih ustrojstvenih jedinica Ministarstva; prati i osigurava primjenu zakona i drugih propisa iz područja službeničkih i radno-pravnih odnosa; daje mišljenja o pitanjima koja se odnose na državnu službu; prati statusna stanja državnih dužnosnika, službenika i namještenika; izrađuje nacrte akata o pravima državnih službenika i namještenika iz kolektivnog ugovora; koordinira provedbu politika i odluka po pitanjima iz djelokruga pojedinih unutarnjih ustrojstvenih jedinica Ministarstva te koordinira poslove koji obuhvaćaju djelokrug više unutarnjih ustrojstvenih jedinica Ministarstva; izrađuje prijedlog uredbe o unutarnjem ustrojstvu i pravilnika o unutarnjem redu Ministarstva na prijedlog unutarnjih ustrojstvenih jedinica Ministarstva; izdaje potvrde o činjenicama o kojima vodi službenu evidenciju te o činjenicama o kojima ne vodi službenu evidenciju kada je to zakonom propisano; vodi Registar zaposlenih u javnom sektoru za Ministarstvo i ažurira podatke u istom; izrađuje ugovore o povjeravanju poslova vanjskim pružateljima usluga i vodi evidenciju o istima; obavlja prijavu i odjavu na mirovinsko i zdravstveno osiguranje za državne službenike, namještenike, osobe na stručnom osposobljavanju za rad bez zasnivanja radnog odnosa i osobe za pružanje njege i pomoći HRVI iz Domovinskog rata I skupine; postupa u predmetima vezanim za prijam u hrvatsko državljanstvo; skrbi o planiranju, razvoju i upravljanju ljudskim potencijalima, izrađuje i provodi planove stručnog usavršavanja i osposobljavanja ljudskih potencijala; realizira strategije i mjere vezano za planiranje, razvoj i upravljanje ljudskim potencijalima; izrađuje nacrte prijedloga zakona i prijedloga drugih propisa kojima se uređuju prava pripadnika braniteljske i stradalničke populacije iz djelokruga Ministarstva, te mišljenja i očitovanja o načinu primjene tih propisa; prati zakonodavstvo Europske unije koje se odnosi na djelokrug Ministarstva; provodi postupak savjetovanja sa zainteresiranom javnošću u postupcima donošenja propisa; izrađuje odgovore na prijedloge odnosno zahtjeve za ocjenu suglasnosti zakona s Ustavom Republike Hrvatske i suglasnosti drugih propisa s Ustavom Republike Hrvatske i zakonom za propise iz djelokruga Ministarstva; provodi Prethodnu procjenu, izrađuje Prijedlog plana zakonodavnih aktivnosti iz djelokruga Ministarstva i provodi postupak procjene učinaka propisa; prati praksu Europskog suda za ljudska prava te zakonodavstvo Europske unije te s tim u vezi obavlja poslove koji se odnose na usklađenje propisa iz djelokruga Ministarstva s propisima Europske unije; obavlja poslove koji se odnose na područje tajnosti podataka i područje informacijske sigurnosti, uredskog poslovanja, zaštite na radu i tehničkih poslova; obavlja poslove vezane uz stjecanje, uporabu i održavanje poslovnih prostora u vlasništvu Republike Hrvatske dodijeljenih na korištenje Ministarstvu te s tim u vezi priprema procedure i predlaže određene sigurnosne mjere te izrađuje nacrte ugovora o najmu navedenih prostora; nadzire i usklađuje provedbu obrambenih i sigurnosnih mjera; osigurava i nadzire obavljanje analitičko-planskih, obračunskih, računovodstveno-knjigovodstvenih poslova; izrađuje prijedlog financijskog plana Ministarstva, preraspodjele i izmjene financijskog plana i propisana financijska izvješća; obavlja poslove proračunskog računovodstva i koordinira izvršenje proračunskih rashoda putem državne riznice; obavlja poslove platnog prometa te priprema isplate korisnicima trajnih prava na temelju zahtjeva prvostupanjskih tijela i drugih nadležnih službi; koordinira poslove vezane za razvoj financijskog upravljanja te uspostavlja sustav izvješćivanja u svrhu učinkovitog upravljanja proračunskim sredstvima po programima koje provode upravne organizacije Ministarstva; nadzire rad informacijskog sustava i predlaže mjere za unapređenje; nadzire tekuće održavanje informatičke opreme te održavanje operativnog i mrežnog sustava Ministarstva. Glavno tajništvo obavlja i druge poslove u okviru svog djelokruga.
U Glavnom tajništvu ustrojavaju se:
U Sektoru za organizacijske poslove i ljudske potencijale ustrojavaju se:
U Sektoru za normativne i opće poslove ustrojavaju se:
U Službi za sigurnosne i opće poslove ustrojavaju se:
U Sektoru za proračun, financije, analitiku i informatizaciju ustrojavaju se: