Zaključkom Vlade Republike Hrvatske iz travnja 1998. godine osnovan je Operativni stožer za ekshumacije, identifikacije i pokope žrtava iz masovne grobnice na Novom groblju u Vukovaru.
Usporedno s procesom ekshumacija i identifikacija žrtava pristupilo se i uređenju Groblja hrvatskih branitelja iz Domovinskog rata - današnjeg Memorijalnog groblja žrtava iz Domovinskog rata u Vukovaru.
Po okončanom procesu ekshumacija iz masovne grobnice na Novom groblju u Vukovaru, pristupilo se uređenju groblja, a tijekom 1999. godine groblje je dobilo današnje obrise Aleje poginulih branitelja, Aleje civilnih žrtava, Aleje umrlih HRVI-a i Aleje članova obitelji poginulih hrvatskih branitelja.
U sklopu uređenja groblja, projektom je predviđeno uređenje mjesta masovne grobnice, kao i uređenje Memorijalnog prostora sa spomenikom. Na mjestu masovne grobnice postavljeno je 938 bijelih, mramornih, križeva koji predstavljaju broj ekshumiranih žrtava. Na Memorijalnom je trgu, dana 05. kolovoza 2000. godine, svečano otkriveno brončano spomen-obilježje s vječnim plamenom, rad prof. Đurđice Ostoje.
Zaključkom Vlade Republike Hrvatske od 16. studenog 2000. godine groblju je utvrđen je status "Memorijalnog groblja žrtava iz Domovinskog rata".
